平行世界とも並行世界とも異世界とも言える、そんな地球。 しかもその世界の日本は……見事に東西分裂を起こしていた。 それだけならまだしも、南北も含めて複雑な情勢下にあった。 東洋の火薬庫とすら呼ばれる、4つの国家…… 冷戦や小規模戦闘は絶えず、治まる気配も見えない。 かつての東洋の美しい国は、乱れ乱れた小国家。 各国の思惑が交じり合い、独自の発展を遂げていく。
そしてその世界は、既に此方で言う21世紀を終えている。 そんな、異世界近未来の、非相似パラレルな日本のお話。
北方からソビエト連邦の支配下となり、共産主義を敷く。 首都は札幌、主言語は日本語、公用語にロシア語。 アイヌは圧制の中、虐殺され既に現存しない。
東京を首都とする、民主主義国家。 アメリカの支援及びアメリカとの同盟を国家の礎とする。 天皇は皇居に相変わらず健在、元号の残る国家である。
大阪を首都、京都を権力者の街とする共産主義国家。 中国や北朝鮮との蜜月にあり、交流も盛ん。 実質的トップは書記長ではなく、首相である。
九州を中心に、大和人民国と日々中国・四国の支配権を争う。 沖縄の米軍基地を日本に移したため、アメリカとは距離を置く。 中華民国・インドネシア・オーストラリアと関係を築く。 なお、中華民国の独立を支援し、中国とは犬猿の仲である。 首都は、現在の北九州市から京築一帯を統合した豊前州新京市。 なお、州制度を敷き旧国名の州の連合国家でもある。
残念ながら、戦火の絶えない凄惨な地方である。
大地震により裂け、海峡となっている。
現在の山口県であるが、この世界では豊前州特別区。 中国地方側の為戦火が激しく、新京市内に関わらず荒廃。 ジョナサン-桜田遺伝子工学研究所第十三開発課は此処にある。
日本に籍を置く日米共同の学術的研究所。 この世界ではヒトゲノム計画の中心を担った、世界的な権威である。 扱うのはヒトのみならず多種多様に亘り、食品等平和利用が有名。
十一課までしか存在しないこの研究所の、裏の顔。 日本ではなく新京市下関区に、厳重なカモフラージュでおかれている。 場所は水没したりしたウォーターフロントの廃墟のビルなどに、点在。 研究内容は……矢張り、遺伝子工学の軍事利用。 内部では、神をも恐れぬ所業の、悪魔の研究開発が日夜問わずに。 ノウハウの無いまま新設された班には、CBGプロジェクトがそれぞれに。